O Museu Municipal Pedro Nunes foi fundado em Alcácer do Sal em 1894, com o espólio arqueológico proveniente da Câmara Municipal e as doações do padre Matos Galamba e de Joaquim Correia Batista. O espaço original estava localizado no Edifício dos Paços do Concelho sendo que, em 1914, passou a estar instalado na Igreja do Espírito Santo, onde ainda se encontra. O museu encerrou em 2007 devido ao seu avançado estado de degradação; no âmbito da requalificação do espaço, foram realizadas escavações no local que revelaram vestígios arqueológicos com uma cronologia diacrónica desde os séc. III/IV a,C. até o séc. XIX, repartidos em dois metros de estratigrafia. Após o período de requalificação e um investimento de cerca de 1,5 milhões de euros por parte do Município de Alcácer do Sal, o espaço renovado foi inaugurado em abril de 2019.
