O domínio Português e Alcácer

Alcácer foi conquistada pela primeira vez pelos portugueses em 1160. Em 1191 é de novo recuperada por Ya´qub al-Mansur, que a transforma em sede militar desta região do Garb al-Andalus, através da reconstrução das muralhas. Esta última presença islâmica irá durar até 1217, altura em que é de novo retomada pelos portugueses, auxiliados por tropas da V Cruzada.

Recebe Foral em 1218 e o rei D. Afonso II confia novamente a sua posse à Ordem de Santiago, que a transforma em sua sede. Estabelecida em Alcácer, a Ordem de Santiago dominou durante séculos um vasto território que começava em Sesimbra e terminava no Algarve, controlando totalmente o Baixo Sado, o Alentejo Litoral e a Costa Vicentina, prefigurando uma estrutura estatal dentro do próprio reino de Portugal, que deu lugar a vários conflitos com o poder régio e o poder eclesiástico instalado em Évora.

Em finais do século XIII a sede da Ordem de Santiago passa para Mértola para apoiar a conclusão da conquista do Algarve, mas pouco depois regressa a Alcácer onde se mantém até 1482, ano em que transita definitivamente para Palmela.

Segundo estudos recentes, o Torrão terá sido conquistado por volta de 1233. Recebeu um primeiro Foral, que entretanto desapareceu, mantendo-se como concelho autónomo até ao século XIX.

A população islâmica residente em Alcácer junta-se numa comunidade sob a proteção do rei. A Ordem de Santiago também tinha os seus mouros. Os judeus também se instalaram, enquanto a restante população se distribuiu desde o interior do castelo até à área portuária. Apesar dos privilégios régios emitidos, gradualmente a população abandonou a cerca amuralhada e começou a concentrar-se junto ao rio.

Entretanto, em 1495, D. Manuel I é aclamado rei em Alcácer.

Com a saída da Ordem de Santiago, é fundado no espaço que esta antes ocupava o Convento de Aracoelli, que permanecerá na área do castelo até 1834.