Em 1530, Rui Salema, fidalgo da Casa Real de D. Manuel I e criado do Infante D. Luís, duque de Beja e prior do Crato, fundou a Santa Casa da Misericórdia de Alcácer do Sal. Só alguns anos mais tarde seria criada a Igreja da Misericórdia que, de acordo com uma inscrição na verga de uma das suas portas, datará de 1547.
Com influências manuelinas, maneiristas e barrocas, o templo tem uma compartimentação especial característica, uma vez que a nave e a capela-mor surgem integradas no mesmo espaço.
No século XIX a Igreja da Misericórdia foi alvo de uma reforma pouco adequada aos seus elementos arquitetónicos e decorativos. Inicialmente decorada por milhares de azulejos seiscentistas que cobriam a quase totalidade das suas paredes, o edifício foi completamente renovado: só a metade inferior das paredes conservou o azulejo, sendo que tudo o resto foi modernizado a estuque e mosaico.
Em 1895 o pintor setubalense Francisco Flamengo criou no teto da igreja uma bonita imagem em que estão representadas as três virtudes: a fé, a esperança e a caridade. Já o retábulo do altar-mor é ilustrado com uma Visitação.