Na Igreja da Misericórdia pode ler-se, junto à porta de passagem para o hospital seu homónimo, a seguinte inscrição: “Esta casa foi edificada em Janeiro de 1547, de esmolas, sendo João Nunes Provedor”.
Criada em 1530, a Santa Casa da Misericórdia de Alcácer do Sal ganhou, em 1547, duas novas estruturas: o hospital e a respetiva farmácia. O Hospital da Misericórdia funcionou durante quatro séculos, mas a sua progressiva degradação acabou por conduzir ao encerramento. Em 1957, quando um novo hospital foi inaugurado no Olival do Coronel, a casa hospitalar da Misericórdia passou a albergar, a título precário, 22 idosos do Asilo José Godinho Jacob.
Atualmente, dos dois equipamentos apenas a farmácia se encontra em funcionamento e pode ser facilmente identificada, uma vez que mantém na fachada o painel de azulejos com a inscrição: “Botica da Misericórdia”.